La Secretaría de organización y Control se constituye también en uno de las secretarías pilares del cuerpo directivo del Sindicato, teniendo entre sus funciones la organización, coordinación y supervisión de todos los actos de carácter sindical, utilizando en su desempeño los recursos y el respaldo que le brinda la Junta Directiva y la comunidad de agremiados a fin de alcanzar el éxito en su labor. Asimismo, se encarga de promover y canalizar la afiliación de nuevos agremiados al Sindicato, así como ejercer el control de los afiliados existentes, a quienes dentro del margen de sus funciones brindará orientación, información, y propiciará su mejor integración al Sindicato.

Esta Secretaría tiene como titular al Dr. Cluber Jesus Aramburu,

A la fecha la gestión en esta Secretaría, viene mostrando los frutos de su eficiente gestión a un mes de haber asumido el cargo  incorporando nuevos afiliados al Sindicato, además de venir propiciando el rescate de aquellas bases que se encontraban totalmente distanciadas de su Sindicato, particularmente las bases de los periféricos, manteniendo contacto en forma diaria con sus delegados, coordinando con ellos directamente las asambleas informativa por parte de la junta directiva en sus respectivas bases.